O cenário de Fate/Apocrypha é um mundo paralelo a Fate/stay night, onde o Grande Graal foi removido de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal e desapareceu por muitos anos. Por volta dos anos 2000, aproximadamente na mesma época em que a Quinta Guerra do Santo Graal teria ocorrido, o grupo que saqueou o Graal, Yggdmillennia, declara abertamente sua secessão da Associação dos Magos e que está de posse do Graal. A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, mas todos, exceto um, são instantaneamente massacrados pelo Lanceiro Negro. O que resta consegue ativar o sistema de reserva do Grande Graal, permitindo a convocação de quatorze Servos no total.
Isso marca o início da Grande Guerra do Santo Graal em Trifas, com duas facções diferentes: a Facção Negra, cujos membros fazem parte da Yggdramillennia, e a Facção Vermelha, cujos membros foram enviados pela Associação dos Magos, com exceção de um da Igreja. O próprio Graal também convoca o Governante para agir como mediador da Guerra do Santo Graal.
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